Introduktion
Avloppsvattenövervakning kan fungera som en effektiv metod för att kartlägga förekomsten av patogener, inklusive SARS-CoV-2, i befolkningen. Metoden kan också fungera som ett ’tidigt varningssystem’ som förutsäger kommande utbrott. Se nedan för en allmän introduktion till avloppsvattenbaserad epidemiologi.
I den här dashboarden presenteras data från avloppsvattenbaserad epidemiologi från olika svenska städer. Sammanlagt har städerna som ingår här en befolkning på över 3,5 miljoner invånare (eller 34% av Sveriges befolkning). Data och resultat som presenteras här kommer från analyser som utförts av tre laboratorier. Två av laboratorierna ingår i Svenskt Miljöepidemiologiskt Centrum (SEEC), etablerat av forskare vid fyra svenska universitet (Sveriges lantbruksuniversitet, Kungliga Tekniska högskolan, Karolinska institutet och Uppsala universitet) som ett projekt för att utveckla resurser för pandemiberedskap inom SciLifeLab’s Pandemic Preparedness Program. De två noderna i SEEC som är involverade i avloppsvattenanalyser är SEEC-KTH baserat vid Kungliga Tekniska högskolan (KTH), under ledning av Zeynep Cetecioglu Gurol och SEEC-SLU baserat vid Institutionen för vatten och miljö, Sveriges lantbruksuniversitet (SLU), under ledning av docent Anna J. Székely och docent Maja Malmberg. Det tredje laboratoriet som presenterar sina analyser på denna dashboard är baserat vid Göteborgs universitet (GU) och leds av professor Heléne Norder. Se ‘Navigering på dashboarden’ nedan för mer information kring var arbetet från de tre respektive laboratorierna återfinns på denna dashboard.
Notera att det förekommer mindre skillnader mellan detektionsmetoderna som grupperna använder. Därför är de absoluta värden som mäts av olika laboratorier inte jämförbara med varandra, och små skillnader i trender kan förekomma. Detta innebär att du bör vara försiktig när du gör jämförelser. Titta på avsnitten “Metoder” under gruppernas flikar för att få information om metoderna som används av de olika laboratorierna.
Navigering på dashboarden
Data som visas på den här dashboarden är uppdelad efter de olika patogener som presenteras. Se listan nedan för en överblick av vilka resurser som finns tillgängliga:
-
Kvantifiering av SARS-CoV-2: Data, visualiseringar och information kopplad till kvantifiering av SARS-CoV-2 i avloppsvatten från olika delar av Sverige. Alla tre forskargrupperna delar data relaterat till SARS-CoV-2 i avloppsvatten, deras mätningar täcker olika områden i Sverige. Det går att navigera direkt till den grupp(er) som tillhandahåller data för ett geografiskt område som är av intresse.
-
Kvantifiering av Enteriska virus: Data, visualiseringar och information kopplad till kvantifiering av Enteriska virus i avloppsvatten från Göteborg. Dessa data har samlats in, analyserats och delats av Nordergruppen vid Göteborgs universitet (GU).
-
Kvantifiering av Influensa virus: Data, visualiseringar och information kopplad till kvantifiering av Influensa i avloppsvatten från olika delar av Sverige. Dessa data har samlats in, analyserats och delats av SEEC-noden vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU).
Tillgänglighet av källkod
All källkod som skapats för visualiseringarna under de olika flikarna på denna dashboard finns öppet tillgänglig på GitHub. Skripten finns tillgängliga under respektive visualisering.
Insamlingsplatser för avloppsvatten
Nedan finns en karta som visar de avloppsreningsverk (på engelska wastewater treatment plants, WWTP) från vilka avloppsprover samlas in och analyseras av de grupper som delar data på den här dashboarden.
Källkod som använts för att skapa kartan: Källkod.
Tabellen nedan listar; städerna/orterna som monitoreras av de forskargrupper som delar data, vilka avloppsreningsverk (WWTP) som avloppsprover samlats in ifrån, antal personer i upptagningsområdet (Number of people), om övervakningen är pågående eller inte (Active?), vilket virus som övervakas på platsen (Viruses monitored) och forskargrupp(er) som har övervakat/övervakar platsen. En asterisk (*) bredvid antal personer indikerar att värdet är ett BO-7-värde (en uppskattning av de personer som är anslutna till ett avloppsreningsverk), snarare än antalet personer som är fysiskt anslutna. Informationen i tabellen nedan är tillgänglig för nedladdning som en excel-fil.
Bakgrund: Avloppsvattenbaserad epidemiologi
Många patogengenom, inklusive SARS-CoV-2, kan med hjälp av metoden polymeraskedjereaktion (PCR) detekteras i avföringsprov som har samlats in från infekterade individer (t.ex. COVID-19-patienter) Wu et al. (2020). Övervakning av nivåerna av patogener (t.ex. SARS CoV-2) i avloppsvatten från samhällen kan därför ge en tidig indikation på sjukdomsprevalensen på befolkningsnivå, så kallad avloppsvattenbaserad epidemiologi (Corpuz et al., 2020).
Avloppsvatten av består spillvatten, dagvatten och kylvatten. Dagvatten kommer från hushåll och fastigheter, exempelvis från kök, toaletter och duschar. Det kan också inkludera vatten från regn och från industriellt bruk. Prover tas regelbundet vid avloppsreningsanläggningar, vilket gör det möjligt att jämföra virusbelastningen över tid. Det har tidigare visats att mängden SARS-CoV-2-virus i avloppsvatten kan ge en indikation på ökad smittspridning bland befolkningen och även att mängden SARS-CoV-2 i avloppsvatten korrelerar med antal fall av COVID-19 och antal patienter som behöver sjukhusvård, se Peccia et al. (2020). Nyligen visade också Wang et al. (2022) att nivån av SARS-CoV-2 i avloppsvatten ökade 1-2 veckor innan det fanns en ökning av antalet COVID-19-patienter i behov av sjukhusvård. Under COVID-19-pandemin har övervakning av nivån av SARS-CoV-2 i avloppsvatten blivit en vanlig metod för att följa och förutsäga smittspridning.
Analyser av avloppsvatten ska i första hand ses som ett övervakningssystem. Tillsammans med annan data, t.ex. infektionstestning, intensivvårdsinläggningar etc. kan analyser av avloppsvatten hjälpa till att förstå den regionala dynamiken i sjukdomsutbrott.