Hoppa till innehållet

Mängd SARS-CoV-2 virus i avloppsvatten från svenska städer

Vi presenterar epidemiologiska data av mätningar av SARS-CoV-2 virus i avloppsvatten från fyra svenska städer: Uppsala, Stockholm, Umeå och Örebro, med totalt 1.5 miljoner invånare. Att mäta virusmängder i avloppsvatten kan var en del av ett system för att detektera och övervaka förekomsten av SARS-CoV-2 i samhället. Notera att direkt jämförelse av virusmängden mellan olika städer inte är möjlig pga olika hantering av insamlade avloppsprov och analys av data. Jämförelser bör endast göras inom data som samlats in och visualiseras från en och samma stad. För mer information om epidemiologiska data från mätningar av SARS-CoV-2 i avloppsvatten se nedan.

Uppsala (inklusive närliggande orter), Umeå, och Örebro

Projektet leds av prof. Anna J. Székely (SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet) i samarbete med Uppsala Vatten, Roslagsvatten, Enköpings kommun, Gästrike Vatten, TEMAB m.m. Mängden SARS-CoV-2 virus i Uppsala stads avloppsvatten bestäms genom analys av avloppsvatten insamlat vid Kungsängsverket som är Uppsala Vattens största avloppsreningsverk. Avloppsvattnet från avloppsreningsverket samlas in från de två största upptagningsområdena för Uppsalas avloppsvatten med ca. 180.000 invånare. För kartor som visar respektive upptagningsområde för avloppsvattnet i Uppsala. Mängden SARS-CoV-2 virus i Ekerös avloppsvatten bestäms genom analys av avloppsvatten insamlat vid Ekebyhov, i Österåkers avloppsvatten bestäms genom analys av avloppsvatten insamlat vid Margretelund, i Vaxholms avloppsvatten bestäms genom analys av avloppsvatten insamlat vid Blynäs.

Mängd SARS-CoV-2 virus i avloppsvatten ett specifik datum har normaliserats jämfört med mängden mänsklig avföring för att undvika variation pga vattenflöde och populationsstorlek. Proverna bearbetas enligt standardmetoder. I korthet koncentreras virusinnehållet i proverna med hjälp av en modifierad elektronegativ filtreringsmetod (metod C, Ahmed och kollegor, 2020), virus RNA extraheras med hjälp av RNeasy PowerMicrobiome-kit (Qiagen) och mängden SARS-CoV-2 RNA kvantifieras genom RT-qPCR och användning av CDC RUO nCOV N1-analys (IDT DNA). För att studera metodens effektivitet och detektera eventuell närvaro av potentiella virushämmare tillsätts bovint koronavirus (BCoV) ett sk. process-surrogatvirus. För att korrigera för variation i populationen kvantifierar vi också pepper mild mottle virus (PMMoV), som är det vanligaste RNA-viruset i mänsklig avföring (Symonds et al, 2019).

Från och med vecka 25 2021 (med start den 21 juni 2021) görs mätningarna av prover som samlats in från Umeå och Örebro av laboratoriet i Uppsala som leds av professor Anna J. Székely (SLU, Swedish University of Agricultural Sciences). Därför presenteras från och med vecka 25 resultaten av mätningar från Umeå och Örebro i samma graf som mätningarna från Uppsala och omgivande städer.

Notera att resultaten i dataseten och som visas i diagrammen är preliminära data. Forskargruppen genomför fortfarande kontroller av metodens effektivitet vilket kan förändra de slutliga resultaten något.

Ladda ner data: Relativt ratio av viruskopior SARS CoV-2 jämfört med mängd PPMoV, Excel-fil. Data finns tillgängligt från och med vecka 38 2020; uppdateras varje vecka.

Forskargrupppledare: Anna J. Székely, SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet. Kontakt: anna.szekely@slu.se

Referera till detta dataset: Székely, A. & Mohamed, N. Dataset of SARS-CoV-2 wastewater data from Uppsala, and neighbouring towns Knivsta, Enköping, Östhammar and Älvkarleby, Sweden. https://doi.org/10.17044/scilifelab.14256317.v1 (2021).

Senast uppdaterad:

Olika kommun i Uppsala och Stockholms lä, samt Örebro och Umeå

Skrolla grafen horisontellt för att se alla data.
*Data från dessa veckor är inte tillgängliga.

Observera att grafen nedan visar samma data, men y-axeln visas som en logskala

Skrolla grafen horisontellt för att se alla data.
*Data från dessa veckor är inte tillgängliga.

Uppsala

Skrolla grafen horisontellt för att se alla data.
*Data från dessa veckor är inte tillgängliga.

Mängd SARS-CoV-2 i Stockholms avloppsvatten

Detta projekt, lett av prof. Zeynep Cetecioglu Gurol och kollegor (KTH) är ett samarbete mellan SciLifeLab COVID-19 National Research Program och avdelningarna SEED och Chemical Engineering vid KTH, i nära samarbete med Stockholm Vatten och Avfall och Käppala Association. Provtagningen av avloppsvatten började i mitten av april 2020 från Bromma, Henriksdal och Käppala reningsverk. Dessa reningsverk får avloppsvatten från en befolkning på cirka 360 000; 860 000 respektive 500 000. Se den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna i Käppala och den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna i Bromma och Henriksdal.

Efter koncentrering, filtrering och beredning analyseras proverna med RT-qPCR-teknik för SARS CoV-2 RNA. Primers mot nukleokapsidgenen (N) användes för att detektera SARS-COV-2-genen (tidigare använt och verifierat av Medema et al (2020). I vissa fall har det råa avloppsvattnet frusits ​​vid –20 °C och koncentrerat avloppsvatten eller renat RNA har lagrats vid -80°C innan nästa analyssteg genomfördes. Koncentrationsmetoden som används av prof. Zeynep Cetecioglu Gurol och hennes kollegor baseras på forskargruppens publicerade artikel (Jafferali et al, 2021) som jämför fyra olika metoder för att koncentrera avloppsvatten. Studiens slutsats var att den dubbla ultrafiltreringsmetoden som anpassats av KTH gruppen har betydligt högre effektivitet jämfört med enstaka filtrerings- och adsorptionsmetoder. För detaljerad information om metoden, se publikationen.

Se även forskargruppens webbsida där sammanfattningar av data och preliminära slutsatser presenteras.

Ladda ner data: Mängd SARS CoV-2 RNA per vecka i råavloppsvatten, med bovin faktor och PPMoV faktor, Excel-fil. Uppgifterna delas av Inlet Henriksdal, Sickla, Hässelby, Järva, Riksby och Käppala. Data tillgänglig (delvis) från och med vecka 16 2020; uppdateras varje vecka.

Forskargruppledare: Zeynep Cetecioglu Gurol (Kungliga Tekniska högskolan) Kontakt: zeynepcg@kth.se

Referera till detta dataset: Cetecioglu Z G, Williams, C, Khatami, K, Atasoy, M, Nandy, P, Jafferali, M H, Birgersson, M. SARS-CoV-2 Wastewater Data from Stockholm, Sweden. https://doi.org/10.17044/scilifelab.14315483 (2021).

Senast uppdaterad:
Skrolla grafen horisontellt för att se alla data.
*NB: Alla prover innan vecka 21 har kommit till labbet vecka 21. Mellan vecka 21 och 33 har prover analyserats varannan vecka. Efter vecka 33 har proverna analyserats varje vecka.
**NB: Avloppsvattenmätningarna har utförts varannan vecka, inte veckovis, mellan vecka 24 och vecka 32 2021.
Publikationer:
Benchmarking virus concentration methods for quantification of SARS-CoV-2 in raw wastewater.
Jafferali MH, Khatami K, Atasoy M, Birgersson M, Williams C, Cetecioglu Z.
Science of The Total Environment 755. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2020.142939

Mängd SARS-CoV-2 i avloppsvatten insamlat i Umeå (före vecka 25, 2021)

Detta project leds av prof. Maja Malmberg (SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet) i samarbete med SciLifeLab COVID-19 National Research Program och Mette Myrmel vid Norwegian University of Life Sciences. Mängden SARS-CoV-2-virus i avloppsvattnet mäts i avloppsreningsanläggningen i Umeå. Se den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna.

Efter beredning har proverna extraherats och ultrafiltrats samt analyserats för SARS CoV-2 med RT-qPCR analys , proverna har normaliserats med PMMoV. Fram till januari 2021, samlades tre prover in per vecka, dessa prov poolades till ett prov per vecka. Från och med februari 2021 samlades endast prover in vid en tidpunkt per vecka. Primers som används för att detektera förekomsten av SARS-CoV-2 RNA har tidigare används av Corman et al , 2020. Från vecka 25 2021 (veckan 21-27 juni 2021) har mätningarn av proverna istället skett i laboratoriet i Uppsala som leds av professor Anna J. Székely (SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet). En beskrivning av metoden som används för att processa prover som samlats in efter vecka 25 2021 finns här och resultaten presenteras här. Observera att grafen nedan endast visar prover tom vecka 25 2021.

Mängd SARS-CoV-2 RNA per vecka jämfört med mängd SARS-CoV-2 som uppmättes on November 6 2020.

Ladda ner data: Förändring i mängd SARS CoV-2 RNA (%) jämfört med Nov 6 2020 och flöde varje dag samt veckonummer, Excel fil.. Data startar vecka 44 of 2020; uppdateras en gång per månad.

Forskargruppledare: Maja Malmberg (SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet) Kontakt: maja.malmberg@slu.se

Referera till detta dataset: Malmberg, M., Myrmel, M. & Khatri, M. Dataset of SARS-CoV-2 in wastewater in Umeå, Sweden. https://doi.org/10.17044/scilifelab.14376881.v1 (2021).

Senast uppdaterad:
Skrolla grafen horisontellt för att se alla data.
*Data från dessa veckor är inte tillgängliga.
**Proverna från vecka 11 och 12 har förvarats i +4 °C under 2-3 veckor innan analys vilket skiljer sig från övriga insamlade prover.
***Proverna från maj ( vecka 18-22) kommer delvis analyseras igen och är preliminära.

Mängden SARS-CoV-2 i avloppsvatten från Örebro (före vecka 25, 2021)

Detta project leds av prof. Maja Malmberg (SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet) i samarbete med SciLifeLab COVID-19 National Research Program och Mette Myrmel vid Norwegian University of Life Sciences. Mängden SARS-CoV-2-virus i avloppsvattnet mäts i avloppsreningsanläggningen i Örebro. Se den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna.

Efter beredning har proverna extraherats och ultrafiltrats samt analyserats för SARS CoV-2 med RT-qPCR analys , proverna har normaliserats med PMMoV. Fram till januari 2021, samlades tre prover in per vecka, dessa prov poolades till ett prov per vecka. Från och med februari 2021 samlades endast prover in vid en tidpunkt per vecka. Primers som används för att detektera förekomsten av SARS-CoV-2 RNA har tidigare används av Corman et al , 2020. Från vecka 25 2021 (veckan 21-27 juni 2021) har mätningarn av proverna istället skett i laboratoriet i Uppsala som leds av professor Anna J. Székely (SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet). En beskrivning av metoden som används för att processa prover som samlats in efter vecka 25 2021 finns här och resultaten presenteras här. Observera att grafen nedan endast visar prover tom vecka 25 2021.

Mängd SARS-CoV-2 RNA per vecka jämfört med mängd SARS-CoV-2 som uppmättes on November 6 2020.

Ladda ner data: Förändring i mängd SARS CoV-2 RNA (%) jämfört med Nov 6 2020 och flöde varje dag samt veckonummer, Excel fil. Data startar vecka 44 of 2020; uppdateras en gång per månad.

Forskargruppledare: Maja Malmberg (SLU, Sveriges Lantbruksuniversitet) Kontakt: maja.malmberg@slu.se

Referera till detta dataset: Malmberg, M., Myrmel, M. & Khatri, M. Dataset of SARS CoV-2 in wastewater in Örebro, Sweden. https://doi.org/10.17044/scilifelab.14377097.v1 (2021).

Senast uppdaterad:
Skrolla grafen horisontellt för att se alla data.
*Data från dessa veckor är inte tillgängliga.
**Proverna från vecka 11 och 12 har förvarats i +4 °C under 2-3 veckor innan analys vilket skiljer sig från övriga insamlade prover.

Bakgrund

Epidemiologiska undersökningar av avloppsvatten kan användas för att studera SARS-CoV-2-virus i avföringsprover från COVID-19-patienter med RT-qPCR (se till exempel Wu et al, 2020). Övervakning av virusnivåerna av SARS CoV-2 i avloppsvatten från samhällen kan därför ge en tidig indikation på sjukdomsprevalensen på befolkningsnivå, kallad avloppsvattenbaserad epidemiologi (Corpuz et al, 2020).

Avloppsvattenbaserad epidemiologi studerar mängden virusgenom i avloppsvattnet, med RT-qPCR. Avloppsvatten av består spillvatten, dagvatten och kylvatten. Dagvatten kommr från hushåll och fastigheter exempelvis kök, toaletter och duschar. Det kan dock också inkludera vatten från exempel regnvatten och vatten från industriellt bruk). Prover tas regelbundet vid avloppsreningsanläggningar, vilket gör det möjligt att jämföra virusbelastningen över tid. Det har tidigare visats att mängden SARS CoV-2-virus i avloppsvatten kan ge en indikation på ökad smittspridning i befolkningen och även att trenden SARS-CoV-2 i avloppsvatten korrelerar med antal fall av COVID-19 och antal patienter som behöver vård (se Peccia et al, 2020). Under COVID-19-pandemin har övervakning av nivån SARS CoV-2 i avloppsvatten blivit en vanligare metod att övervaka och förutsäga smittspridning.

Observera att graferna som presenteras inom sektionen baseras på preliminära och ännu inte fullständigt utvärderade data. Data som delas ska därför användas med försiktighet. Observera att eftersom olika metoder för insamling av avloppsprover och dataanalys används av olika forskningsprojekten som redovisas nedan(dvs för olika städer) är det inte möjligt jämföra virusmängen mellan projekten (dvs mellan städer). Jämförelser bör göras inom varje projekt (dvs. stad) eftersom metoden är densamma för alla mätningar. Mätningar av SARS CoV-2 i avloppsvatten bör främst ses en indikation på ökande smittspridning, tillsammans med andra datatyper som exempelvis antal positiva SARS CoV-2 test, antal patienter som behöver intensivvård etc och bidra till kunskap om den regionala dynamiken i COVID-19-pandemi.