Hoppa till innehållet

Om dataportalen

Introduktion

Den svenska dataportalen för Covid-19 & pandemisk beredskap tillhandahåller information, riktlinjer, verktyg och tjänster för att stödja forskare vid svenska lärosäten verksamma inom forskningsfältet pandemisk beredskap med datarelaterade frågor.

Portalen drivs av SciLifeLab Data Centre och samarbetspartners och har som syfte att stödja forskare vid svenska lärosäten verksamma inom forskningsfältet pandemisk beredskap. Vi välkomnar forskarsamhället att bidra med innehåll och förslag på förändringar och nytt innehåll. Som forskare kan du interagera med Portalen på ett flertal sätt, genom att fylla i formuläret, kontakta oss via epost eller via sociala media. Portalenteamet kan även ge stöd i datarelaterade frågor och hjälpa forskare att hitta lämpliga supporttjänster.

Den här webbplatsen är byggd med hjälp av Hugo och använder Bootstrap ramverket, DataTables används för att skapa tabeller, Vega/Vega-Lite och Plotly för interaktiv grafik. Koden är öppen källkod (MIT-licens) och finns tillgänglig på GitHub. Vi välkomnar att Portalens källkod återanvänds och att forskare bidrar till webbsidans källkod.

Om du vill bidra med innehåll eller har förslag på förbättringar av webbplatsen, vänligen kontakt oss på datacentre@scilifelab.se

Organisationerna bakom portalen

SciLifeLabs forskningsprogram för pandemisk laboratorieberedskap
PLP logo

SciLifeLab (Science for Life Laboratory) fick i uppdrag av regeringen att bygga upp resurser och ”capabilities” som kan användas för att möta framtida pandemier. Uppdraget innebär övergripande att stödja forskning inom infektionssjukdomar (exempelvis inom diagnostik, immunitet, och utveckling av resistens mot läkemedel), samt att bygga upp kompetens och utveckla teknologier för pandemisk beredskap (exempelvis sekvensering, genetiska analys, immunologi och hantera stora datamängder.

Forskningsprogrammet för pandemisk laboratorieberedskap startades genom ett regeringsuppdrag i december 2020. De resurser och verktyg (sk ‘capabilities’) som byggs upp inomPLP programmet skall utgöra ett komplement till de resurser för pandemisk beredskap som exempelvis myndigheter, regioner och kommuner har byggt upp. PLP programmet har ett nära samarbete med myndigheter som Folkhälsomyndigheten.

Den första ansökningsomgången inom PLP programmet gick ut i februari 2021. Åtta projekt fick anslag för från juli 2021 att börja bygga upp resurser för pandemisk beredskap. Idag stöder forskningsprogrammet ett nätverk av 21 projekt både för att bygga resurser och för teknikutveckling. Fler anlag kommer utlysas under 2023.

Läs mer om PLP programmet och de resurser som byggs upp inom nätverket på pandemic preparedness resources.

SciLifeLab

SciLifeLab är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. Vårt mål är också att bygga en stark forskargruppering kring SciLifeLab genom utbildning och samverkan. SciLifeLab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska Högskolan, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Vi samarbetar med flera andra svenska universitet.

SciLifeLab kombinerar teknisk expertis med avancerad kunskap inom translationell medicin och molekylärbiologi. Forskare från hela Sverige kan använda både de tekniker och den kunskap som finns på SciLifeLab.

SciLifeLab Data Centre
SciLifeLab Data Centre logo

Biomedicinsk forskning är inte bara teknikdriven utan blir alltmer datadriven. SciLifeLab samordnar och stöder aktiviteter under hela livscykeln för data, från projektplanering, dataproduktion, dataanalys, datadelning, till publicering och återanvändning av data, där forskare är beroende av avancerad dataanalys och e-infrastruktur.

Vårt fokus är på data som härrör från användningen av SciLifeLab-infrastrukturplattformar, både för att främja forskning om att tillföra värde till data, forskning som härleder biologisk kunskap från data och infrastruktur som gör data sökbara och tillgängliga. På SciLifeLab Data Centre ser vi data som en av de mest värdefulla och långvariga produkterna i våra verksamheter. Data Centre strävar efter att data skall följa FAIR, och Open Science, hanteras enligt öppna vetenskapliga standarder och att dess långsiktiga värde för det vetenskapliga samfundet maximeras.

Samarbetsorganisationer

The European COVID-19 Data Platform
The European COVID-19 Data Platform logo

Den svenska dataportalen för Covid-19 & pandemisk beredskap är den nationella noden för den europeiska Covid-19 dataplattformen. Den europeiska Covid-19 dataplattformen drivs av European Bioinformatics Institute, som är en del av European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI), tillsammans med EU- kommissionen, EU:s medlemsländer, och med forskningspartners som ELIXIR. En översikt över nationella noder finns här.

Den europeiska COVID-19 dataplattformen har som syfte att och stödja datadelning och analys, och att verka för snabbare COVID-19 forskning. Plattformen ger stöd för delning, tillgänglig-görande och analys av Covid-19 relaterade forskningsdata och specifika dataset. Plattformen är synkroniserad med COVID-19-relaterade data och vetenskapligt output som finns i EMBL-EBI’s dataresurser, inkl. ENA, UniProt, PDBe, EMDB, Expression Atlas och Europe PMC. Datamängden växer hela tiden, diversiteten och volymen ökar, och inkluderar idag sekvensdata, strukturer, expressionsdata, molekylära screenings, biokemiska data och vetenskapliga publikationer: https://www.uniprot.org/.

BY-COVID konsortiet
BY-COVID logo

Den svenska Dataportalen för Covid-19 & Pandemisk Beredskap är en av ett flertal partner i BeYond COVID konsortiet BY-COVID. BY-COVID finansieras av EU-kommissionen och inkluderar totalt 53 partnerprojekt från19 länder. Intresseorganisationerna spänner från biomedicinsk vetenskap till sjukvård, folkhälsa, samhällsvetenskap och humaniora. BY-COVID projektets syfte är att göra Covid-19 relaterade data mer lättillgängliga för forskarsamhället, men även för verksamma inom sjukvård och myndigheter.

Framåt är ett annat syfte att tillhandahålla ett ramverk för att göra forskningsdata från infektionsområdet öppna och tillgängliga för alla. Projektet kommer att interagera med redan tillgängliga infrastrukturer som ELIXIR, BBMRI, ECRIN, PHIRI and CESSDA. Målet är att bygga på redan tillgängliga resurser, som COVID-19 dataplattformen och Versatile Emerging infectious disease Observatory project (VEO), för att maximera nyttan. Projektet kommer även att utveckla synergier med European Health Data Space.

Medlemmar i Portalenteamet deltar även i utvecklingen av of the Portal team are involved in Infectious Disease Toolkit ett av de största delprojekten inom BY-COVID projektet.

National Bioinformatics Infrastructure (NBIS) och ELIXIR Sverige
National Bioinformatics Infrastructure (NBIS) logo
ELIXIR logo

NBIS är en distribuerad nationell infrastruktur för bioinformatik med stöd från SciLifeLab, Vetenskapsrådet, alla större svenska universitet, samt Knut och Alice Wallenbergs stiftelse. NBIS tillhandahåller bioinformatiksupport och infrastruktur till forskare inom livsvetenskaperna, och har ett 90-tal experter över hela landet inom olika områden såsom DNA-, RNA- och proteinanalyser, systembiologi, genomanalyser, masspektrometri-proteomik, metabolomik. NBIS har också experter inom systemutveckling och datahantering. NBIS utgör den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR för biologiska data.

Portalens historia

Portalen lanserades i juni 2020 på uppdrag av och med finansiering från Vetenskapsrådet. Den svenska Covid-19 dataportalen blev den första nationella noden i ett nätverk av Covid-19 dataportaler kopplade till den europeiska Covid-19 dataplattformen. Den europeiska Covid-19 dataplattformen i sin tur har initierats och finansieras av Europeiska kommissionen (för mer information och en översikt över andra Covid-19 dataportalen som ingår i nätverket se här. För en sammanfattning av vad som skett under Portalens första år se denna datanyhet här. Portalen fokuserade uteslutande på SARS-CoV-2 och Covid-19 forskningsdata fram till slutet av 2021.

Från 2022 har Portalen utvidgats till att även inkluderar forskningsämnen med relevans för pandemisk beredskap och är en del av SciLifeLabs forskningsprogram för pandemisk laboratorieberedskap. SciLifeLabs forskningsprogram för pandemisk laboratorieberedskap finansieras av ett regeringsuppdrag till SciLifeLab (Prop. 202/21:60).

Personerna bakom portalen

Från starten har Portalen drivits av SciLifeLab Data Centre och samarbetspartners, med stöd och input av forskarsamhället. Många personer har varit involverade i uppbyggnad, drift och utvecklingsarbete av webbsidans källkod och Portalens innehåll. En ofullständig lista över dessa personer som bidragit finns tillgänglig på GitHub. Det nuvarande dedikerade teamet som aktivt arbetar med Portalen visas nedan.

Vi hjälper er gärna med support, tar emot förslag på förbättringar av nuvarande sektioner eller förslag på nya sektioner samt svarar på frågor relaterade till datahantering, datadelning och Portalens innehåll. Maila oss på datacentre@scilifelab.se.

Arnold Kochari
Project leader
Katarina Öjefors Stark
Data steward
Liane Hughes
Data engineer
Senthilkumar Panneerselvam
Systems developer
Hanna Kultima
Data management team leader at SciLifeLab
Johan Rung
Head of the SciLifeLab Data Centre